Giao diện chính của CCleaner khá đơn giản, gồm hai thanh trạng thái cho biết dung lượng lưu trữ và bộ nhớ RAM đang dùng cùng hai nút lệnh bên dưới. Để phân tích và dọn dẹp hệ thống, bạn nhấn nút Analyze, chờ trong giây lát để ứng dụng thực thi chức năng. Hoàn tất, màn hình kết quả trả về danh sách những thành phần bạn có thể xóa hay tắt để tiết kiệm không gian lưu trữ, giải phóng bộ nhớ như: cache, các file đã tải về, nhật ký lướt web,… Bạn duyệt chọn những thành phần không cần thiết muốn xóa rồi nhấn Clean.
- Quản lý ứng dụng: Bạn chạm biểu tượng ba thang ngang ở góc trái phía trên giao diện chọn App Manager. Hộp thoại mở ra có hai thẻ chức năng: Installed Applications (ứng dụng bạn cài thêm) và System Applications (ứng dụng hệ thống). Bạn đánh chọn các ứng dụng muốn gỡ bỏ rồi nhấn Uninstall (có thể chọn gỡ bỏ hàng loạt ứng dụng cùng lúc). Với các ứng dụng hệ thống, khi bạn gỡ bỏ chúng sẽ được đưa về trạng thái gốc (giống khi reset điện thoại).
- Xem thông tin hệ thống: Bạn chạm biểu tượng ba thang ngang ở góc trái phía trên giao diện chọn System Info. Hộp thoại mở ra cho biết tình trạng CPU, RAM, bộ nhớ và pin.